389 पेपर
55 यूकेरियोटिक क्लेड्स (clades) के 63,000 से अधिक कैरियोटाइप्स का विश्लेषण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि गुणसूत्र विकास दर 844 गुना तक नाटकीय रूप से भिन्न होती है और मुख्य रूप से गहरे फाइलोजेनेटिक बाधाओं या किंगडम सीमाओं के बजाय जीवन इतिहास और जनसंख्या संरचना द्वारा शासित होती है।
यह शोध पत्र टिप-डेटेड (tip-dated) और नोड-डेटेड (node-dated) दोनों डेटासेट्स का उपयोग करके BEAST 2 में फाइलोजेनेटिक डेटिंग विधियों पर पोस्टीरियर सिमुलेशन-आधारित अंशांकन परीक्षणों (posterior simulation-based calibration tests) को लागू करता है, जो यह पुष्टि करता है कि नोड आयु अनुमानों की सटीकता पर मौलिक सैद्धांतिक सीमाओं के बावजूद अनुमान लगाने वाली मशीनरी निष्पक्ष और सही ढंग से अंशांकित है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि जहाँ विविध जीवाणु वंशों से क्षैतिज जीन स्थानांतरण (horizontal gene transfer) ने *Paulinella micropora* के केंद्रक जीनोम को आकार दिया, वहीं इसके क्रोमैटोफोर का प्रारंभिक एकीकरण मुख्य रूप से जीन प्राप्ति के बजाय मेजबान की ऊर्ध्वाधर वंशावलत (vertical inheritance) और प्रोटीनों के पुनलक्ष्यीकरण (retargeting) द्वारा संचालित था।
1,000 से अधिक *Aspergillus fumigatus* आइसोलेट्स से अब तक के सबसे बड़े यूकेरियोटिक पैनजीनोम का निर्माण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि रोगजनक का ओपन पैनजीनोम स्टारशिप्स (Starships) जैसे मोबाइल तत्वों द्वारा संचालित धीमी, संरचित जीन प्राप्ति और हानि द्वारा आकार लेता है, जो सरल पॉइंट म्यूटेशन से परे एंटीफंगल प्रतिरोध के विकास को आधार प्रदान करते हैं।
यह शोध पत्र LAVA को प्रस्तुत करता है, जो एक बेयसियन (Bayesian) R-आधारित विधि है जो असमान उप-जनसंख्या संबद्धता के कारण पारंपरिक Qst-Fst तुलनाओं में होने वाली उच्च गलत सकारात्मक दरों (false positive rates) को दूर करने के लिए पूर्वज योगात्मक आनुवंशिक भिन्नता (ancestral additive genetic variance) के अनुमानों की तुलना करके संरचित आबादी में स्थानीय और वैश्विक अनुकूलन का पता लगाने में सुधार करता है।
86 वर्षों के प्रयोगात्मक संक्रमण डेटा का एक व्यापक मेटा-विश्लेषण यह प्रकट करता है कि चमगादड़ उन वायरल रोगों से उसी गंभीरता और मृत्यु दर से ग्रस्त होते हैं जो कृंतकों (रोडेंट्स) के समान है, जो इस प्रचलित परिकल्पना को चुनौती देता है कि चमगादड़ों में एक अद्वितीय, रोग-सहिष्णु प्रतिरक्षा होती है जो उन्हें जूनोटिक वायरसों के लिए असाधारण भंडार बनाती है।
सिमुलेशन और वास्तविक डेटा विश्लेषण के माध्यम से, यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि महत्वपूर्ण मापन त्रुटियों वाले विरल जीवाश्म डेटा में दिशात्मक विकास का अनुमान लगाने के लिए जनरलाइज्ड लीस्ट स्क्वायर्स (GLS) विधि, जनरल रैंडम वॉक (GRW) मॉडल की तुलना में बेहतर प्रदर्शन करती है, क्योंकि GRW स्टेप वेरिएंस्स का विश्वसनीय रूप से अनुमान लगाने में संघर्ष करता है और अक्सर नियतात्मक प्रक्रियाओं में ढह जाता है।
यह अध्ययन प्रस्तावित करता है कि जीवाणु उपभेद विविधता (bacterial strain diversity) एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन के क्रोमोसोमल एकीकरण के लिए एक बाधा के रूप में कार्य करती है, जिससे प्लास्मिड-जनित प्रतिरोध दशकों तक आबादी पर क्षणिक रूप से हावी रहता है और यह स्पष्ट करता है कि क्यों मोबाइल प्रतिरोध स्थिर क्रोमोसोमल वंशानुक्रम के पक्ष में सैद्धांतिक भविष्यवाणियों के बावजूद प्रचलित बना रहता है।
निडेरियन *हाइड्रा वल्गारिस* की जांच करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जीनोम विस्तार विरोधाभासी रूप से पैतृक मेटाज़ोअन सिनटेनी को संरक्षित करता है, क्योंकि यह उलझे हुए दीर्घ-परासी नियामक संपर्क (long-range regulatory contacts) बनाता है जो कार्यात्मक बाधाएं आरोपित करते हैं, जिससे गुणसूत्र पुनर्व्यवस्था की गति धीमी हो जाती है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि एक पूर्वज जीन द्विगुणन (gene duplication) के बाद, कशेरुकी (vertebrate) DSCAM और DSCAML1 पैरालॉग्स ने विभेदक चयनात्मक दबावों और उनके इंट्रासेल्युलर डोमेन में मोटिफ रिपर्टोयर्स द्वारा चिह्नित विशिष्ट विकासवादी प्रक्षेपवक्रों का अनुभव किया, जिसने कार्यात्मक विचलन को प्रेरित किया जो संभवतः कशेरुकी तंत्रिका विकास के अंतर्निहित आणविक तंत्रों को आकार देता है।